Nowy York 2099. Peter Parker w kostiumie Spider-Mana ucieka przed skuterami powietrznymi Public Eye. Jest zupełnie zagubiony w futurystycznej rzeczywistości. Nie ma najmniejszego pojęcia, jak się tutaj znalazł i po cichu liczy na to, że za chwilę ktoś obudzi go z tego koszmaru. Nie potrafiąc zgubić grupy pościgowej dosiada się na jedną z maszyn, by zdobyć od funkcjonariusza służb bezpieczeństwa potrzebne informacje. Poznawszy aktualną datę, instynktownie wskakuje do systemu wentylacji prowadzącego do podmiejskich slumsów. Chwilę wytchnienia przerywa nagły atak Vulture’a. Wbrew początkowym obawom, Peter w mgnieniu oka nokautuje przeciwnika. Zdumiony wylewną i pełną wdzięczności reakcją tłumu gapiów, wycofuje się na dach pobliskiego budynku, by ochłonąć. Spotyka tam Gabriela O’Harę, który szybko orientuje się, że człowiek w masce bynajmniej nie jest jego bratem. Spider-Man prosi nieznajomego o pomoc w odnalezieniu się w nowym otoczeniu. Tymczasem Hikaru-Sama, przywódca korporacji Stark-Fujikawa, kontaktuje się z liderem Alchemaxu, by uprzedzić o swojej kontrolnej wizycie w związku z podejrzeniem o używanie przez Stone’a zakazanej technologii, która zapoczątkowała lata temu reakcję łańcuchową prowadzącą do zmierzchu ery superbohaterów.
Nowy York (uniwersum podstawowe). Miguel budzi się w łóżku obok Mary Jane. Totalnie zdezorientowany, wychodzi przez świetlik w suficie na dach jednego z apartamentowców. Przed jego oczami rozpościera się widok na Manhattan, który do złudzenia przypomina slumsy, choć w zupełnie innej, lepszej kondycji. Z radością odkrywa, iż nie doskwiera mu ciągły nadzór Public Eye. Czuje się naprawdę wolny. Kieruje się do redakcji Daily Bugle, by ostrzec zacofaną cywilizację przed rakotwórczym wpływem tuszu drukarskiego. Na miejscu nie unika konfrontacji z impulsywnym właścicielem gazety J. Jonahem Jamesonem. Rozprawia się z nim w dość gruboskórny i niesubtelny sposób, będąc bardziej zainteresowany rozmową z mniej konfliktowymi pracownikami Bugle’a.
Bliżej nieokreślona czasoprzestrzeń. Członkowie tajemniczej organizacji obserwują każdy ruch obydwóch Spider-Manów. Najwyraźniej to oni stoją za przeniesieniem w czasie Miguela i Petera. Ich zadaniem jest dopilnować, żeby każdy z superbohaterów wykonał swoją specyficzną misję. Wszystko jest pod kontrolą do czasu, gdy ich siedziba zostaje zaatakowana przez osobnika przypominającego wyglądem Goblina na swoim latającym gliderze (odrzutowa platforma w kształcie nietoperza z wiązaniem na stopy – przyp. recenzenta).
Nowy York 2099. Podczas drogi w kierunku apartamentu Miguela, pajęczy zmysł ostrzega Petera, wskazując na budynek korporacji Alchemax jako źródło zagrożenia. Ignorując tymczasowo niepokojące sygnały, Peter i Gabriel docierają do punktu docelowego, gdzie zostają przywitani przez Lylę. Wirtualna sekretarka nie odnajduje w swojej nieomylnej bazie danych wpisu potwierdzającego tożsamość gościa, co potwierdza wersję wydarzeń Parkera. „Oryginalny” Spider-Man podejmuje decyzję o powrocie do domu. Idzie za tropem wyznaczonym przez swój nadprzyrodzony zmysł, kierując się w stronę Alchemaxu. Wewnątrz siedziby korporacji właśnie w tym momencie przeprowadzany jest eksperyment wykorzystujący niewyczerpalne źródło energii pochodzące z piątego wymiaru. Przestraszony zapowiedzianą wizytą Hikaru-Samy, Stone nakazuje przerwanie wszelkich badań, jednak jest już za późno, gdyż energia wymknęła się bezpowrotnie spod kontroli, zakrzywiając czasoprzestrzeń. Peter, wymykając się komitetowi powitalnemu wydelegowanemu przez Public Eye, dostaje się do opustoszałego po ewakuacji laboratorium.
Nowy York (uniwersum podstawowe). O’Hara dowiaduje się, że bieżącego dnia ma odbyć się demonstracja badań nad niekonwencjonalnymi źródłami energii w niewielkiej firmie Fujikawa. Błyskawicznie kojarzy fakty i przypomina sobie, iż ten fakt bezpośrednio poprzedza chronologicznie wydarzenia obejmujące zmierzch ery superbohaterów. Zbywając bez ogródek natrętnego Jamesona, opuszcza redakcję Daily Bugle, by poszukać pomocy u oryginalnego Spider-Mana. Szczęśliwie natrafia na Mary Jane. Żona Petera wysłuchuje nieprawdopodobnej dla jej uszu, proroczej wizji mającej nadejść katastrofy. Nie mając u boku swojego męża przekonuje Miguela, by własnoręcznie podjął wyzwanie i spróbował zmienić bieg historii.
Niedługo potem O’Hara zaczyna odbierać silne sygnały zwiastujące początek apokalipsy. Postanawia podnieść rzuconą mu przez los rękawicę. Na drodze do celu nagle staje przed nim potężny i muskularny Venom, któremu obecność nowego pajęczaka na Manhattanie nie dawała spokoju. Pojedynek toczy się przez kilka przecznic, aż do gmachu laboratorium firmy Fujikawa. Nawet będąc tak blisko celu Miguel nie potrafi pozbyć się nieustępliwego prześladowcy. Wtem Venom bierze nogi za pas, na widok legionu duchów mających wkrótce ulec zagładzie superbohaterów, wydobywających się z maszynerii znajdującej się w centrum placówki badawczej. O’Hara stoi jak wryty, podziwiając relikty przeszłości stanowiące w jego czasach niedoścignione wzory do naśladowania. W stanie zupełnego osłupienia zostaje wciągnięty w wir czasoprzestrzenny przez Parkera, który przybył wprost z roku 2099.
Obydwoje dryfują, aż docierają do rzeczywistości z roku 2211. Na miejscu spotykają futurystycznego Hobgoblina, który usiłuje dosłownie wymazać ich egzystencję z kart historii. Na odsiecz nieoczekiwanie przybywa trzeci Spider-Man z dalszej przyszłości. Wyposażony w trzy pary ramion bohater, przechwytując specjalne bomby przeciwnika, równolegle niszczy oba urządzenia znajdujące się w laboratoriach Alchemaxu i Fujikawy, zapobiegając tym samym dziejowemu kataklizmowi. Wszystko wraca do normy, a Miguel i Peter, żegnając się na odchodnym, powracają w rodzinne strony. Na Parkera czeka już stęskniona Mary Jane, natomiast O’Harę witają brat Gabe i Lyla ze świeżym pieczywem. Okazuje się, że w przyszłości zatarciu uległa data pierwszego dnia zagłady superbohaterów.
