Spider-Man 2099 odzyskuje przytomność przywiązany do stołu operacyjnego w bazie Sinister Six w Alchemax Tower. Goblin przedstawia mu członków bandy: Venoma, na którego osobistą prośbę nie zdjęto Pająkowi maski, atlantydzkiego naukowca Doktora Octopusa, byłego niezależnego operatora Vulture’a, zbuntowanego androida Electro i tajemniczą Sandwoman.
Po tym, jak Winston przyjmuje od złoczyńców zamówienie na lunch, O’Hara wyznaje, że pochodzi ze świata, gdzie Sinister Six nie rządzą Nueva York ani też nie kierują Alchemaxem. Venom węszy podstęp, więc Electro proponuje zlikwidować Pająka tu i teraz. Reszta przychyla się do tej propozycji. Zanim jednak dochodzi do egzekucji, pojawia się Dormammu, który nakazuje łotrom oddać mu cześć. W tym czasie Kasey Nash aka Payback, dziewczyna Gabe’a O’Hary, uwalnia Spider-Mana.
Po próbie ataku przeprowadzonego przez Electro członkowie Sinister Six uświadamiają sobie, że mają do czynienia z kolejną iluzją stworzoną przez projektory Firelighta, lidera ruchu oporu. Ale kiedy odkrywają prawdę, po Kasey i Miguelu nie ma żadnego śladu. Goblin zamierza dopaść przywódcę rebelii, ale chce pojmać go żywego, ponieważ zależy mu na poznaniu tożsamości szpiega Firelighta w Alchemax. Po tym, jak zleca Venomowi rekonesans w podziemiach, kontaktuje się z Payback, aby zapytać, jak miewa się Pająk.
Gdzie indziej. Payback informuje Jennifer, przyjaciółkę ukrywającą się pod maską Goblina i szpiegującą dla ruchu oporu, że zamierza zabrać Spider-Mana do kryjówki Gabriela O’Hary – alter ego Firelighta. Kiedy para zbiegów dociera do Downtown, zszokowany Miguel widzi ruiny Nowego Yorku. Podczas postoju O’Hara, podejrzewając Venture’a o szkodliwy wpływ na przeszłość, dopytuje Kasey, jak doszło do tej gigantycznej katastrofy.
Kasey tłumaczy, że wszystko zaczęło się w 2019 roku od wybuchu wojny partyzanckiej w Stanach Zjednoczonych, gdy pomysł zniesienia drugiej poprawki do konstytucji doprowadził do głębokich podziałów w społeczeństwie i militaryzacji wszystkich zwaśnionych frakcji. Wtedy też pojawił się pewien mężczyzna, który uwolnił z probówki broń biologiczną nieznanego pochodzenia. W następstwie epidemii miasto stało się strefą zero, a ludność została zdziesiątkowana.
Po wysłuchaniu opowieści Miguel dopytuje jeszcze o Conchatę. Okazuje się, że jego matka zginęła 2 lata temu w walce z Sinister Six podczas zakończonego porażką rajdu Thorites na bastion super-łotrów. Kolejne pytanie dotyczy Tylera Stone’a. Nash odpowiada, że ten zniknął w tajemniczych okolicznościach, a plotki mówią, że ukrywa się w Argentynie lub należy do Sinister Six. Kasey obala jednak tezę Miguela, że Stone kryje się pod maską Goblina.
Alchemax. Siedziba Sinister Six. Po bezowocnym przeczesaniu budynku Goblin rozkazuje wspólnikom przeszukać miasto w celu schwytania zbiegów. Nagle na znak dany od Doktora Octopusa Sandwoman traktuje Goblina piaskiem, który wyzwala w ofierze najskrytsze lęki. Okazuje się, że Electro namierzył nieautoryzowaną transmisję tuż po zniknięciu Spider-Mana. Vulture rozpoznaje w schwytanym i zdemaskowanym Goblinie pastor Jennifer D’Angelo z dawnego kościoła w śródmieściu.
Kryjówka Firelighta. Miguel odkrywa, że jego brat od miesięcy jest pogrążony w śpiączce i podłączony do maszyny podtrzymującej życie. Dzięki scaleniu swojej świadomości z pancerzem Kasey, brat O’Hary przemawia jako hologram. Gabriel twierdzi, że wirtualna egzystencja pozwala mu na skuteczniejszą walkę z Sinister Six. Niespodziewanie Kasey słyszy z komunikatora w uchu głos Dr. Octopusa, który grożąc egzekucją Jennifer domaga się powrotu Spider-Mana w przeciągu godziny.
