Przeszłość. Sabretooth w ramach kolejnego brudnego zlecenia ma wykonać egzekucję na pewnym dygnitarzu. Wolverine zjawia się w samą porę i zapewnia go, że Charles Xavier jest w stanie pomóc mu zwalczyć żądzę krwi. Logan jest przekonany, że w jego rywalu tkwi gdzieś głęboko zdolność czynienia dobra.
Teraźniejszość. Wieża Avengers. Odziany w kombinezon Steve Rogers staje w obronie Red/White Skulla. Kapitan Ameryka (Sam Wilson) wygrywa pojedynek, ale gdy dobija dawnego mentora tarczą, odkrywa, że został zwiedziony przez iluzję. W podziemiach prawdziwy Rogers eskortuje osłabionego Skulla, który potwierdza, że może cofnąć zaklęcie inwersji, jeśli odtworzą dokładnie te same warunki co wcześniej.
Manhattan. Axis triumfują nad przetrzebionymi siłami X-Men. Po powrocie z misji w wieży Cap informuje wspólników o ucieczce Rogersa. Rozpoczyna się pogoń za zbiegiem i jego więźniem. Tymczasem Sabretooth chwali Mystique za wielką odwagę i determinację. Raven przekonuje go, że muszą poświęcić własną pozytywną przemianę i pomóc Rogersowi w przywróceniu dawnego porządku. Miotana potworną nienawiścią Rogue ordynarnie przerywa ich filozoficzną rozmowę. Creed nakłania Mystique do ucieczki. Spider-Man powstrzymuje Anna Marie przed dobiciem Sabretootha.
Statek X-Men. Havok wyciąga Wasp z celi. Tłumaczy żonie, że chciał odbudować Planet X – raj dla mutantów – z myślą o ich szczęściu i stworzeniu warunków niezbędnych do narodzin ich utraconej córki, Katie. Namawia ją, by razem przeszkodzili Rogersowi, którego plany zagrażają ich wspólnej przyszłości. Na widok strzępów symbionta Carnage’a ukochana Havoka odkrywa, że to nie jej mąż zapobiegł wybuchowi bomby DNA. Rozwścieczona atakuje partnera i ucieka od niego, przysięgając, że podzieli los reszty X-Men.
Manhattan. Ciężko ranny Apocalypse budzi się. Rozpacza nad kompletną klęską i końcem wizji lepszego świata dla mutantów. Oderwana od ciała głowa Deadpoola odzywa się do niego, chcąc wydobyć z jego jestestwa osobowość dobrodusznego i odpowiedzialnego Evana Sabahnura/Genesisa, który z pewnością pomógłby stronnikom Steve’a Rogersa w powstrzymaniu Axis.
Księżyc. Loki umyka przed ścigającym go Thorem. Jest świadomy tego, że jeśli jego brat powróci na Manhattan, dojdzie do masakry, a Axis będą mieli wygraną w kieszeni. Po odnalezieniu młota Thora modli się do Odyna, by okazał się godzien tej wyjątkowej broni. Przechodzi pomyślnie próbę charakteru i jako nowy właściciel młota staje do równej walki z Thorem.
Rezydencja Avengers. Potrzebujący pomocy medycznej Rogers dociera wraz z White Skullem do bazy. Nomad i Jarvis zbyt długo nie cieszą się ich widokiem, ponieważ wkrótce do centrum monitoringu wdzierają się członkowie Axis. Iron Man zaczyna dusić Skulla i pyta go, czy w jego umyśle „siedzi” Charles Xavier, ponieważ chce mu oznajmić, że zamierza wytępić wszystkich mutantów przy pomocy robotów z serii Stark Sentinels. Captain America bije jak w amoku Rogersa, ale przestaje, gdy ten wspomina jego ojca i ideały, o które walczył. Gdy Kluh szykuje się do rozerwania Nomada w pół, zjawia się Apocalypse, który zmusza członków Axis do skoncentrowania uwagi na swojej osobie. Rogers, Skull, Nomad i Jarvis wychodzą na dach, ale w wejściu na pokład samolotu przeszkadza im Luke Cage. Jemu z kolei wykonanie zadania utrudniają Spider-Man i Sabretooth. Ostatecznie Iron Man uszkadza odrzutowiec Avengers i jest gotowy rozprawić się definitywnie z przeciwnikami. Na to nie pozwala mu przybyły z Latverii „komitet” w składzie: Doctor Doom, Magneto, Quicksilver, Doctor Voodoo i Scarlet Witch (pod kontrolą Daniela Drumma). Erik zamierza rozsadzić Iron Mana, jednak White Skull, przemawiając głosem Charlesa Xaviera, odwodzi go od kolejnego aktu przemocy.
White Skull, Doctor Doom i poddana cudzej woli Scarlet Witch przystępują do odprawienia rytuału, który ma cofnąć wszystkie zmiany zapoczątkowane przez zaklęcie inwersji. Havok i Iron Man próbują im przeszkodzić, ale zostają poskromieni przez Doctora Voodoo i Sabretootha. Kiedy inkantacja dobiega końca, nieustępliwy Stark otacza siebie polem blokującym moc zaklęcia. W jego zasięgu przypadkiem znajdują się Havok i Sabretooth. W tej chwili, na Księżycu, Loki przestaje być godny młota Thora i upuszcza go. Jego odmieniony brat nie pamięta niczego z ich ostatniej konfrontacji.
Manhattan. Wasp z troską w głosie pyta Havoka, jak się czuje. Cage przekonuje się, że Sabretooth pozostał szlachetnym człowiekiem, w przeciwieństwie do męża Wasp, który bierze Janet za zakładnika i grożąc jej śmiercią zmusza ją do zabrania ich w mikroświat. Steve Rogers jest przejęty uprowadzeniem Wasp przez zdeprawowanego Havoka. Magneto zwraca uwagę, że powinni bardziej przejmować się zniknięciem Iron Mana, Doctora Dooma i Red Skulla.
Tydzień później. Media relacjonują przebieg z odbudowy Manhattanu i dociekają, kto ponosi odpowiedzialność za wyrządzone szkody. Jedna ze stacji telewizyjnych otrzymuje nagranie, na którym banda złoczyńców, głosem Carnage’a, przedstawia się jako Axis of Evil i przyznaje się do manipulacji przedstawicielami Avengers i X-Men w celu przejęcia kontroli nad Manhattanem. Jako przyczynę karygodnego zachowania herosów wymienia urok rzucony przez Enchantress. Wina spada też na Apocalypse’a, który wykorzystał pozbawionych wolnej woli mutantów. W rezydencji Avengers dochodzący do siebie po walce Rogers tłumaczy Samowi, że złoczyńcy z własnej inicjatywy – jeszcze przed bitwą, gdy tworzyli drużynę Astonishing Avengers – nagrali ten film, aby dobre imię Avengers i X-Men nie zostało splamione na wieki. Postąpili jak na prawdziwych bohaterów przystało, biorąc na siebie całą winę.
Epilog. Świadomy swej empatii Sabretooth trafia do celi w rezydencji Avengers, gdzie zaczyna pisać pamiętnik z nowego etapu życia. Havok godzi się z Cyclopsem i dołącza do jego tajnej szkoły dla mutantów w Kanadzie. Deadpool i na powrót młody Genesis schodzą do podziemia, uciekając przed służbami porządkowymi. Loki nie może pogodzić się z utratą mocy Thora. W swoim zamku Doctor Doom eksperymentuje na pojmanym Red Skullu. Rogue i Scarlet Witch powołują do życia nową wersję Avengers Unity Squad, drużyny grupującej ludzi i mutantów. Peter Parker rozpoczyna budowę pomnika, jaki obiecał wykonać dla bohaterskiego Carnage’a.
