1945, Japonia. Kapitan Ameryka spotyka się ze swoim mentorem Krakenem w ruinach miasta Ashomia, gdzie czeka na nich Ojciec Hydry (Isaac Newton) oraz zakuty w łańcuchy Catalyst (Nostradamus). Ten drugi ostrzega, że Alianci użyją Kosmicznego Sześcianu, by zmienić bieg wydarzeń i wygrać wojnę. W przyszłości pojawi się jednak istota (Kubik), która przywróci Rogersowi jego lojalność wobec Hydry. Kiedy ziemia zaczyna drżeć, Kraken każe Capowi wejść do magicznego stawu i choć zmieni to jego pamięć oraz rzeczywistość wokół niego, ma pewność, że Rogers pozostanie czempionem Hydry, który wyzwoli ich wszystkich.
Iliad – lotniskowiec S.H.I.E.L.D. Dyrektor agencji Kapitan Ameryka naradza się z komandor Sharon Carter w sprawie 3 kryzysów. W przestrzeni kosmicznej Captain Marvel, Alpha Flight, Ultimates, Guardians of the Galaxy, Hyperion i Quasar próbują zatrzymać liczącą biliony żołnierzy flotę Chitauri, podczas gdy Ironheart (Riri Williams) i Tony Stark A.I. w zbroi Iron Mana usiłują naprawić uszkodzony przez zamachowca-samobójcę Hydry generator tarczy planetarnej. Tymczasem armia super-łotrów (byłych więźniów Pleasant Hill) sieje chaos w Nowym Yorku, a do walki z nimi zostają wysłani Luke Cage i Defenders, Dr. Strange, Spider-Woman oraz Cloak i Dagger. Ponadto S.H.I.E.L.D. nie może nawiązać łączności z okrętem Crescent w rejonie Sokovii, gdzie Hydra przejęła władzę i weszła w posiadanie 7 radzieckich głowic nuklearnych.
Bitwa na orbicie przybiera niepomyślny obrót dla obrońców Ziemi – Hyperion zostaje zestrzelony przez Chitauri a Quasar połknięta przez ich lewiatana. W mieście Nitro wywołuje eksplozję i tylko dzięki interwencji Jessici Jones nie dochodzi do niewyobrażalnej katastrofy, choć straty i tak są ogromne. Inwazja Chitauri Wave i wybuch na Manhattanie sprawiają, że władze USA zgodnie z ustawą S.H.I.E.L.D. Act wprowadzają stan wyjątkowy a sekretarz obrony przekazuje Rogersowi naczelne dowództwo nad wszystkimi siłami zbrojnymi i służbami kraju. Jako zwierzchnik państwa Cap wygłasza orędzie do superbohaterów, motywując ich do dalszej heroicznej walki.
Po przemówieniu Rogersa ku zaskoczeniu Iron Manów generator włącza się i otacza całą planetę ochronnym polem, w które masowo uderzają najeźdźcy, ginąc na miejscu. Na nowojorski front docierają zaś posiłki (Rogue i jej drużyna Avengers Unity Division), a super-złoczyńcy zaczynają się teleportować. Tymczasem w zmierzający w stronę Sokovii statek Iliad, którego uzbrojenie nagle przestaje działać, wbija się Crescent. Z odnalezionego okrętu wysypują się żołnierze Hydry, przeprowadzając błyskawiczny abordaż. Terroryści zajmują Iliad bez żadnego zbrojnego oporu, ponieważ odtwarzany w tle głos Doktora Faustusa sprawia, że agenci S.H.I.E.L.D. stają się posłuszni jak baranki. Po tym, jak napastnicy wdzierają się na mostek, Cap ku przerażeniu Sharon ujawnia się jako Najwyższy Lider Hydry i każe aresztować ukochaną, kategorycznie zabraniając ją skrzywdzić.
Przejąwszy przy pomocy Faustusa kontrolę nad całą flotą S.H.I.E.L.D. i wszystkim agentami, Rogers kontaktuje się z Kapitan Marvel. Ignorując jej prośbę o opuszczenie tarczy, wyjawia, że Chitauri nie przestaną atakować, bo szukają na Ziemi swojej królowej. Dziękuje jej za służbę, po czym rozłącza się, skazując ją i jej rannych towarzyszy na śmierć. Równocześnie Baron Zemo korzysta z usług Blackouta i wzmacnia jego moce księgą Darkhold. Ten izoluje Manhattan kopułą utworzoną z mrocznej energii Darkforce, więżąc herosów na wyspie. W tym czasie w pomieszczeniu, gdzie Ironheart i Iron Man odkrywają, że tarczy nie da się wyłączyć, bo ktoś blokuje ją od strony oprogramowania, a nie sprzętu, wpadają siepacze Hydry. Opancerzeni bohaterowie uciekają i wiedząc już, że padli ofiarą wielkiej mistyfikacji, wysyłają wiadomość do wszystkich wolnych herosów (m.in. Spider-Manów) z prośbą o pilne stawiennictwo w Waszyngtonie, gdzie siły Hydry ruszają przejąć Biały Dom.
Kontynuacja wydarzeń w Free Comic Book Day 2017: Secret Empire.
