Teraźniejszość, Helicarrier S.H.I.E.L.D. Daisy Johnson (zagadkowa, czarnowłosa kobieta z Secret War #2) jest przesłuchiwana. Maria Hill, nowa dowódczyni S.H.I.E.L.D., domaga się od niej szybkich odpowiedzi. Pyta ją o jej kontakty z Furym oraz zastanawia się, jakim cudem ta zaledwie 18-letnia dziewczyna uzyskała 10, czyli najwyższy poziom wtajemniczenia.
6 godzin wcześniej. Podmuch bomby antymaterii sieje spustoszenie. Lucia Von Bardas ogłasza swoje zwycięstwo, ale nagle zaczyna się z nią dziać coś dziwnego. Pancerz odpada od jej ciała, a ona sama zostaje rozsadzona od środka. Jej śmierć przerywa reakcję łańcuchową. Wszyscy superbohaterowie są cali. Scorcher doznaje szoku, pozostali super-łotrzy wydają się być martwi lub nieprzytomni. Pojawia się Daisy Johnson, która podaje Fury’emu rękę.
Teraźniejszość. Johnson przyznaje, że posiada nadludzkie moce, które pochodzą od uszkodzonego materiału genetycznego ojca (Mr. Hyde). Dzięki nim może generować fale wstrząsowe. Zgodnie z rozkazami Fury’go użyła tych zdolności, aby zlikwidować Von Bardas.
Przeszłość. Kapitan Ameryka żąda od Fury’ego wyjaśnień. Na miejsce przylatują X-Men z Wolverinem. Fury tłumaczy, że dzisiejszy atak był odwetem za jego zeszłoroczną Tajną Wojnę, która miała na celu obalenie rządu Latverii i zamordowanie premier tego kraju. Bierność władz państwowych na dowody o szerzenie terroryzmu przez Latverię zmusiła go do wszczęcia prywatnej wojny. W tajemnicy przed rządem USA i S.H.I.E.L.D. Fury poprosił o pomoc kilku superbohaterów, którzy wyruszyli z nim na sekretną misję do Latverii.
Retrospekcja. Zamek Lucii Von Bardas. Po pokonaniu strażników superbohaterowie pod dowództwem Nicka Fury’ego docierają do komnaty pani premier. Lucia oświadcza, że Fury popełnił akt terroryzmu, gdyż zaatakował suwerenne państwo bez zgody przełożonych. Mimo protestów Capa, Fury każe Johnson użyć swoich mocy. Zamek zawala się, grzebiąc wszystkich w środku pod gruzami, z wyjątkiem drużyny Nicka. Herosi są oburzeni dokonaniem masowego morderstwa przez Fury’ego, który twierdzi, że tylko w taki sposób można było odstraszyć innych potencjalnych terrorystów. Na dodatek dowiadują się, że ich misja nie została zatwierdzona przez rząd USA. Koniec retrospekcji.
Fury nie miał więc wyjścia – uśpił superbohaterów i zrobił im pranie mózgu. Wymazał im z pamięci jedynie dwa dni. Na wieść o tym Wolverine wpada w szał. Rzuca się na Nicka i wbija mu ostrze w klatkę piersiową. Johnson rozsadza serce Logana od środka i każe pozostałym cofnąć się. Z nieruchomego ciała Fury’ego wydobywa się głos, który prosi, by agentka nie zrobiła nikomu krzywdy. Okazuje się, że tuż po zakończeniu walki z Von Bardas, Fury zniknął, podstawiając na swoje miejsce robota LMD (Life Model Decoy). Płk. żegna się. Nie może już dłużej przewodzić S.H.I.E.L.D., po tym co się wydarzyło, dlatego też schodzi do podziemia. Ma nadzieję, że bohaterowie uszanują jego decyzję i kiedyś zrozumieją, że postąpił słusznie.
Teraźniejszość. Hill jest wściekła. Johnson twierdzi, że nie wie, gdzie ukrywa się Nick Fury. Dowódczyni S.H.I.E.L.D. oświadcza, że jej były szef jest zbrodniarzem wojennym i będzie tropiony aż do skutku. Hill opuszcza pokój przesłuchań, aby porozmawiać z Black Widow. Johnson wychodzi na zewnątrz Helicarriera S.H.I.E.L.D. i otrzymuje przez mikrofon w uchu wiadomość od Fury’ego.
