Osłabiony działaniem narkotyku i zszokowany tożsamością Jackala, Spider-Man traci przytomność. Budzi się przywiązany do stołu w opuszczonej kamienicy. Szybko wyzwala się z więzów i atakuje stojącego obok niego Jackala. Jednak Szakal okazuje się być znakomitym wojownikiem. Kilkoma zręcznymi ciosami, które kończą się kolejnymi zadrapaniami na ciele Spider-Mana, Jackal powala przeciwnika na ziemię. Warren zaczyna tłumaczyć, dlaczego nienawidzi Spider-Mana. „Nienawidzę cię, ponieważ jesteś młody. Nienawidzę cię, ponieważ byłeś kochany przez Gwen Stacy”. Nienawidzę cię, ponieważ pozwoliłeś jej umrzeć”.
Rozpoczyna się historia Jackala. Na ESU Warren poznał Gwen i zakochał się w niej. Podziwiał jej urodę, inteligencję i bystrość umysłu. Próbował przekonać siebie, że darzy ją ojcowskim uczuciem. Po jej śmierci przeżył załamanie. Następnego dnia jego asystent, Anthony Serba, obwieścił, że ich eksperyment z klonowaniem zakończył się sukcesem – naukowcy sklonowali żywą żabę. Warren dał mu więc próbki krwi pobrane od swoich studentów (w tym Petera i Gwen), oszukując go, że jest to materiał genetyczny szczura. Gdy Serba odkrył, że klonują ludzi, próbował przerwać eksperyment. Miles wpadł w szał i zamordował go. Po skremowaniu ciała asystenta Warren usiłował wmówić sobie, że mordercą jest ktoś inny. Przypadkiem usłyszał wykład na temat drapieżników, w tym szakala. Tak narodził się Jackal, jego druga tożsamość.
Kolejne miesiące Warren spędził na hodowaniu klonów, projektowaniu kostiumu i wyposażenia Jackala oraz intensywnym treningu fizycznym. Po „narodzinach” klona Gwen poprzysiągł, że człowiek, który ją skrzywdził (Peter Parker), zostanie unicestwiony. Ostatnie miesiące poświęcił na przywrócenie pamięci Gwen za pomocą hipnozy. Dokonał też na niej prania mózgu, aby wykonywała wszystkie jego rozkazy na zawołanie.
Po skończeniu opowieści Jackal ucieka, rzucając Pająkowi wyzwanie. Peter ma stawić się o północy na Stadionie Shea. Daily Bugle. Jameson, Robertson i Mary Jane pocieszają Betty, która martwi się zniknięciem Neda, Petera i Gwen. Peter wchodzi do gabinetu Jonaha. Musi jednak ukryć prawdę – okłamuje wszystkich, że nie widział Neda od tygodnia. Obiecuje Betty, że odnajdzie jej narzeczonego.
Stadion Shea. Pająk dociera na miejsce i znienacka zostaje zaatakowany przez Jackala, który rani go swoimi pazurami. Spider-Man traci przytomność. Gdy budzi się, zauważa leżącego obok drugiego Spider-Mana! Stojący na trybunie Jackal wyjaśnia, że sklonował także Petera Parkera. Gdy Spidey był nieprzytomny, Warren pobrał od niego komórki pamięci i wszczepił je jego klonowi. Oba Spider-Many mają teraz te same wspomnienia i wierzą, że są prawdziwi. Lecz tylko ten oryginalny będzie mógł uratować życie Neda, który przywiązany jest do tykającej bomby.
Dochodzi do walki dwóch Spider-Manów. Jednak po chwili obaj stwierdzają, że muszą współpracować, aby uratować przyjaciela. Towarzysząca Jackalowi Gwen odzyskuje przytomność umysłu i zaczyna płakać, oskarżając Warrena o niegodziwość i podłość, po czym nazywa go mordercą. Profesor odzyskuje zdrowy rozsądek i nie mogąc znieść myśli o swoich zbrodniach, uwalnia Neda z więzów. Dziennikarz wpada w ręce Spider-Mana. W tej sekundzie dochodzi do wybuchu bomby. Potężna eksplozja zabija Jackala i (przypuszczalnie) klona Spider-Mana, który zostaje przygnieciony gruzem. Mija trochę czasu. Spider-Man odzyskuje przytomność i zapewnia klona Gwen, że nikt nie przeżył wybuchu z wyjątkiem niego i Neda.
Pierwszy Epilog. Cmentarz, Queens. Klon Gwen kładzie kwiaty na grobie prawdziwej Gwen Stacy. Peter towarzyszy dziewczynie. Gwen stwierdza, że musi odnaleźć sens życia, po czym żegna się z Peterem, prosząc, by nie próbował jej szukać.
Drugi Epilog. Peter przeżywa ponowne „odejście” Gwen. Gdy otwiera drzwi do swojego mieszkania, zastaje tam czekającą na niego Mary Jane. Chłopak cieszy się na jej widok i ostatecznie młodzi godzą się ze sobą.
