Nowy York. Mary Jane pomaga Spider-Manowi wyjść spod gruzów na moście. Okazuje się, że jej mąż doznał poważnego urazu prawej ręki. Przed nimi staje wraz ze swoją armią sprawca tych zniszczeń – Cadaverous. Cybernetyczny potwór krzyczy, że potrzebuje Spider-Mana. Jego słudzy rzucają się na Parkera. Przyszpilony do ziemi Pająk widzi, jak Cadaverous przebija Mary Jane i zrzuca ją z mostu. Peter skacze na ratunek żonie i chwyta ją. Niestety MJ już nie żyje.
6 dni później. Trwa pogrzeb Mary Jane. Peter i jego syn, Ben, żegnają żonę i matkę. Mimo że Spider-Man ocalił miasto przed Cadaverousem, musi żyć z poczuciem winy za śmierć ukochanej.
12 lat później. Ben Parker wstaje i szykuje się do wyjścia do szkoły. W liceum staje w obronie kolegi, którego prześladuje niejaki Roland. Kiedy osiłek pyta Bena, jak miewa się jego matka, zostaje wrzucony do jednej z sal. Po raz czwarty w tym tygodniu Ben trafia na dywanik u dyrektora Orleena. Ten wzywa jego ojca. Peter, który w przerwie podróży przyleciał do miasta, odbiera syna, wypraszając dla niego karę „kozy” zamiast zawieszenia w prawach ucznia.
Odwożąc syna, Peter krytykuje jego zachowanie. Ben broni się, że chciał komuś pomóc, czego ojciec nigdy nie zrozumie. Ten odpowiada, że czasem pomaganie tylko pogarsza sprawę. Po kłótni Ben wysiada z auta i wraca piechotą do domu, gdzie od wielu lat mieszka z wychowującą go May. Kiedy chwyta za klamkę, nie może się od niej oderwać i wyrywa drzwi wejściowe z zawiasów. Pod wieczór do jego pokoju zagląda May, która pyta chłopaka, co się stało z drzwiami.
Nazajutrz młody Parker siedzi w „kozie”, gdzie poznaje Faye Ito, która pomalowała zieloną farbą nieszanującego dziewczyn seksistowskiego nauczyciela. Okazuje się, że uczennica o buntowniczym charakterze pragnie tak jak Ben walczyć o to, co słuszne.
Siedzący w swojej kryjówce Cadaverous kontynuuje pewien eksperyment. Obiekt o numerze B-901 okazuje się jednak nieudany. Porażka nie zniechęca jednak stwora do dalszych prób. Przemawiając do zbiornika z kobietą w środku, mówi, że nigdy się nie poddadzą. Tymczasem Peter, który pracuje jako fotoreporter, odbiera w samolocie przed wylotem telefon od May. Ciotka zwraca mu uwagę, że syn go potrzebuje. Żyjący z protezą prawej ręki Parker twierdzi, że lepiej poradzą sobie bez niego.
W nocy Ben, mający koszmar o śmierci matki, budzi się przyczepiony do sufitu. Do pokoju wchodzi May, która uspokaja przerażonego chłopaka. Twierdzi, że nadszedł czas, by coś zobaczył. Zabiera go na strych i zostawia, prosząc, by przejrzał zawartość pudła, bo znajdzie tam to, czego potrzebuje. W środku Ben odkrywa pamiątkowe zdjęcia i listy, a pod nimi kostium Spider-Mana.






