Rok 1995, Chicago. Podstarzały Doktor Octopus sieje zniszczenie w centrum miasta. Na miejscu pojawia się Ben Reilly, pracujący jako fotoreporter klon Petera. Otto rozpoznał go na pogrzebie May Parker i w jakiś sposób dowiedział się o nim prawdy. Biorąc zakładniczkę, przekonuje Bena, aby ten oddał się w jego ręce.
Nowy York. Biuro Petera Parkera. Tony Stark proponuje fuzję z Parker Industries. Właściciel firmy stawia warunek, że Stark musiałby najpierw zrezygnować z produkcji broni. Wywiązuje się sprzeczka, gdyż Tony jest przekonany, że jego broń pomogła wygrać wojnę z Rosją i zapewnia światu bezpieczeństwo. Peter kontrargumentuje, wspominając, że jego produkty trafiały też do rebeliantów i terrorystów. Zdenerwowany Stark wychodzi z budynku. Po chwili Peter dostaje telefon od detektyw Jessiki Jones, która śledzi dla niego pewną osobę w Jersey. Jones i Parker dodatkowo zdają się być związani prywatnie.
Peter ciągle działa jako Spider-Man. Podczas patrolu powstrzymuje kilka napadów, zastanawiając się, czy jego działania robią jakąś różnicę. Nagle dzięki systemowi zainstalowanemu w masce dowiaduje się o raportowanym zagrożeniu w innej części miasta. Doctor Octopus wywołuje go bezpośrednio, aby się stawił. Otto zdaje się tracić kontakt z rzeczywistością, miotając autami i autobusami i nie zważając na życie cywilów. Spider-Man robi co w jego mocy, ratując ich. Okazuje się, że Doc Ock zna jego tożsamość. Korzystając z chwili nieuwagi, obezwładnia Spider-Mana gazem.
Później. Peter budzi się w laboratorium Oscorp, widząc uwięzionego naprzeciw siebie Bena, a także Harry’ego Osborna, który współpracuje z Octopusem. Harry przeprasza przyjaciela, tłumacząc, że Otto go zmusił. Octavius opowiada o tym, jak przed śmiercią May zostawiła go z powodu jego ciągłej złości, mówi jednocześnie, że bardzo ją kochał i nigdy nie skrzywdził.
Okazuje się, że Otto odnalazł pliki badań Milesa Warrena ukryte w archiwach Oscorp, szukając poprzez rozpracowanie procesu klonowania sposobu na uniknięcie niechybnej śmierci. W dokumentacji natyka się na szokującą informację… to Ben jest prawdziwym Peterem Parkerem! Rozwścieczony faktem, że jego życie zostało mu odebrane, Reilly atakuje Octopusa mimo prób uspokojenia go przez Petera. W ogniu starcia jedna z macek Octaviusa przebija na wylot Harry’ego, który ratuje Petera, zasłaniając go własnym ciałem. Octavius ucieka, a Parker opłakuje przyjaciela, który umiera na jego rękach.
Później. Peter zdaje się być pogodzony z myślą, że jest klonem. Oddaje Benowi swoją firmę i tożsamość, jest zmęczony tym życiem, chce wieść cichy żywot, co jak do tej pory robił Ben. Ten w zamian daje mu maskę Red Maska, którego rolę wykonywał w Chicago.
Jessica Jones zrywa telefonicznie z Peterem, jednocześnie informując go o lokalizacji śledzonej osoby, którą okazuje się… Norman Osborn. Parker odwiedza go, mówiąc, że przeprowadził własne testy. To on jest prawdziwy, a badania, które znalazł Octopus, zostały sfabrykowane przez Normana w celu zniszczenia życia Spider-Mana. Paradoksalnie, Peter dziękuje swojemu wrogowi za podarowanie mu daru wolności i czystego umysłu. Norman wpada we wściekłość, a gdy dowiaduje się o śmierci Harry’ego, umiera na zawał.
Pittsburgh. Peter odwiedza miejsce, gdzie mieszka jego żona i dzieci. Uściskając je i widząc Mary Jane, mężczyzna w końcu zdaje się być szczęśliwy.
