Chapter One: Crawling Through the Wreckage
Port Authority. Spider-Man upewnia się, czy pokonani przez Red Goblina towarzysze wciąż żyją. Anti-Venom zapewnia go, że ocalił im życie. Silk wspomina o Jonahu, na co Peter odpowiada, że to wszystko wina Jamesona. Zainspirowany akcją Flasha superbohater wie, jak pokonać Goblina.

W drodze Spider-Man wpada na Harry’ego i Liz, którzy donoszą mu o przemianie Normiego w drugiego Carnage’a i żądaniu Osborna dotyczącego przekazania Alchemaxu w jego ręce w zamian za ich syna. Pająk pyta Marka Raxtona, czy Alchemax wciąż ma na magazynie zapasy sztucznego serum Anti-Venoma. Brat Liz kieruje go do dawnej siedziby Horizon. Harry natomiast oddaje Stanley’a pod opiekę swojej matki, Emily „Emmy” Lyman-Osborn, i rusza z Liz zrealizować własny plan przeciwko ojcu.

W mieszkaniu Jameson wpada na pomysł, by do walki z Red Goblinem posłać Venoma. Myśląc, jak nawiązać z nim kontakt, dostrzega gazetę Fact Sheet ze zdjęciami Venoma podpisanymi „Sym”. Domyślając się, że Brock zastosował patent Parkera – sprzedaż zrobionych sobie fotek – dzwoni do redakcji dziennika i prosi o rozmowę z fotografem. Gdy rozpoznaje głos Eddiego Brocka, obiecuje, że go nie zdemaskuje, jeśli ten pomoże mu w słusznej sprawie. Venom zamienia się w słuch.

Chapter Two: Too Many Targets
South Street Seaport. Stara siedziba Horizon Labs. Spider-Man znajduje zwłoki strażników i zdemolowany skarbiec. Red Goblin, który zniszczył cały zapas serum Anti-Venoma, przemawia do Petera przez obleczone w symbiont bombki. Zapowiada, że skoro Parker złamał jego ultimatum, to on najpierw zabije Mary Jane, a potem May. Po tej deklaracji kule wybuchają, ogłuszając Pająka.

Stark Tower. Venom wpada do wieży. Mary Jane, myśląc, że to Osborn, aktywuje system obrony przeciwko symbiontom. Po chwili zjawia się Goblin, któremu dźwięki i ogień nic nie robią. Walczący z nim Venom przekonuje MJ, aby wyłączyła zabezpieczenia, mówiąc, że przybył jej na ratunek. Tymczasem do mieszkania May puka Normie, który twierdzi, że się zgubił. Zanim atakuje chcącą zadzwonić do jego matki kobietę, powstrzymuje go Superior Doctor Octopus, samozwańczy ochroniarz May. Chłopiec zmienia się w stwora (Goblin Childe) i rozrywa macki Octaviusa.

Po dotarciu do wieżowca Spider-Man wpada w sam środek pojedynku Red Goblina i Venoma. Od razu proponuje Mary Jane ewakuację, ale ta odmawia i zakłada rękawicę Iron Mana, aby im pomóc. We trójkę usiłują zatrzymać szalonego zbrodniarza, jednak na nic zdają się ich wysiłki. Osborn uszkadza wyrzutnię sieci Parkera i rani MJ wystrzelonymi igiełkami, po czym odlatuje, oznajmiając, że dołączy do Normiego, który ma zabić May. Aby wyrównać szanse, Spider-Man za namową MJ przyjmuje propozycję Brocka i pożycza od niego symbiont Venoma. Odziany w czarny kostium, rusza na ratunek ciotce.

Columbia University Medical Center. Agent Anti-Venom dogląda zdrowia oraz pilnuje prywatności superbohaterów z igiełkami w ciałach. Pracująca tam Dr. Sha Shan Nguyen, była żona Flasha, odkrywa jego drugą tożsamość. W tym czasie mknący przez miasto Spider-Man odbiera telefon od Jamesona. Przebywający na kampusie ESU bloger z kaskiem na głowie informuje, że pomógł MJ, a teraz pomoże May. Pająk zrywa połączenie, wściekły na niego za wezwanie Venoma.

Mieszkanie May. Superior Octopus szarpie się z Goblin Childem, walcząc o życie May. Przed śmiercią ratuje ją nagle Mark V Spider-Slayer, robot sterowany przez Jamesona. Gdy przybywa Osborn, rani Octopusa i rozrywa Slayera na strzępy. Gotowa na śmierć May nie okazuje strachu. Kiedy na miejscu zjawia się Black Spider-Man, szydzący z niego Red Goblin i Goblin Childe odlatują, mając biznesowe sprawy do załatwienia. W gniewie Parker depcze głowę Slayera, z której przeprasza go Jonah. Ten, nie wiedząc, co już robić, sięga po pistolet. Okazuje się, że kierowany miłością Octopus zasłonił May własnym ciałem, przyjmując na siebie lwią część gradu igiełek Goblina. Za ten akt heroizmu wdzięczny Peter deklaruje reset w ich relacjach. Prosi May, by wezwała karetkę, i obiecuje jej, że ocali Normiego. W tym celu rusza do Alchemaxu.

Chapter Three: Family Infighting
Red Goblin i Goblin Childe przybywają do Alchemaxu, aby wskrzesić Oscorp i odbudować imperium Osbornów. Przyjmując wygląd biznesmenów, wchodzą do gabinetu zarządu, gdzie oczekują ich Liz i Mark. Allan twierdzi, że nie ma prawnej możliwości oddania firmy w tak krótkim czasie. Osborn wspomina, że jako Mason Banks pomógł założyć spółkę i wie o klauzuli, która zezwala na przekazanie jej Normiemu. Na tym kończy pokojowe negocjacje i wywraca stół, uderzając Raxtona. Chce zabić matkę Normiego i jej brata. Liz wzywa na pomoc Harry’ego, który przylatuje na lotni, sprowadzając legion robotów Humanitron. Lyman zabiera Normiego i zapewnia go o swojej miłości. Red Goblin strąca syna z szybowca gradem kolców.

Ku przerażeniu Harry’ego i jego syna Norman chwyta Liz za gardło i wyrzuca ją przez okno. Na szczęście Spider-Man zjawia się w samą porę i łapie Allan. Sprowadzając ją do biura, obiecuje, że Osborn nigdy nie powtórzy już takiej akcji jak z Gwen Stacy. Widząc ten akt heroizmu, Goblin Childe rzuca się na dziadka w obronie rodziców. Gdy Parker z kolei rzuca się na ratunek zbuntowanemu chłopcu, Lyman odpala lotnię i przebija Red Goblina tak jak przy jego pierwszej śmierci. Kiedy Harry i Liz przytulają Normiego, obiecując, że pomogą mu stać się znów normalnym dzieckiem, Goblin wyrywa pojazd z piersi i przeobraża go w Carnage-Glidera. Kpiącego z niego Pająka wyzywa na ostateczny pojedynek.

Chapter Four: The Goblin Triumphant
Podczas pościgu na mieście Red Goblin ku przerażeniu Spider-Mana zdradza, że kolce, którymi postrzelił bliskich Petera, są nadal w ich ciałach pod jego kontrolą i zamierza za pomocą nich rozerwać ofiarom mózgi, zadając im straszliwą śmierć. Kiedy pstryka palcami, nikt jednak nie ginie. Wtedy na pobliskim dachu zjawia się Thompson, który wykorzystał niemal całą moc symbiontu Anti-Venoma, aby usunąć igiełki Goblina z krwiobiegu Mary Jane, May, Harry’ego, Clasha, Silk i innych ludzi. Okazuje się też, że Thompson wydedukował tożsamość Spider-Mana, gdy ten rozmawiał z Silk.

Rozmowę dwójki przyjaciół przerywa Red Goblin, którego Carnage-Glider chwyta Pająka i zabiera go daleko, aby Norman mógł ukarać Flasha. Choć ten resztkami swoich mocy osłabia symbiont Osborna, ten poraża go śmiertelnie rękawicami z kostiumu Green Goblina, jaki nosi pod symbiontem. Na widok tego wstrząśnięty Parker zmienia się w Spider-Venoma, po czym rozrywa Glider i posyła jego właściciela ciosem w sam środek miasta. Kierowany żądzą mordu, zostaje uspokojony przez Thompsona, który nie chce, aby jego gniew zmienił strój Venoma w potwora. Peter hamuje nienawiść i odzyskuje poprzednią formę. Chce zabrać Thompsona do szpitala albo oddać mu kostium Venoma, lecz na to jest już za późno. Flash mówi Peterowi, że ludzie go potrzebują. Nazywając go bohaterem i przyjacielem, umiera z powodu obrażeń.

Na Times Square podirytowany Red Goblin zaczyna mordować cywili. Zjawia się Pająk. Osborn dochodzi do wniosku, że Parkerowi zależy na nowojorczykach i nie trzeba wcale zabijać jego bliskich, aby zadać mu ból. Super-łotr rozrzuca po całym placu bomby. Pająk ratuje tylu mieszkańców, ilu jest w stanie, i odradza policji interwencję. Pośród płomieni Goblin przygniata go do ziemi i zaczyna dusić, delektując się swoim bliskim triumfem. Peter postanawia zagrać na przerośniętym ego Osborna i wskazuje, że zasługa za jego zabicie zostanie przypisana Carnage’owi, czyli Cletusowi Kasady’emu.

Przerażony tą wizją Norman Osborn cofa się i każe wrzeszczącemu symbiontowi się uciszyć. Spider-Man oddziela się od kostiumu Venoma i prosi kosmitę, by wrócił do Eddiego, uważając po drodze na płomienie. Podpuszczając Osborna, skłania go do zdarcia symbiontu Carnage’a. Jak za dawnych lat Spider-Man i Green Goblin stają ze sobą do pojedynku. Wybuch pobliskiego auta ogłusza Parkera. Goblin serwuje mu ostre lanie, twierdząc, że jest od niego lepszy, bo na nikim nie polega. Bohater szybko rewanżuje się mordobiciem, ripostując, że bliscy, ci żyjący i nieżyjący, to źródło jego siły.

Starcie wygrywa Spider-Man. Kiedy zamierza oddać policji pokonanego Osborna jak pospolitego zbira, ten wzywa na pomoc symbiont Carnage’a. Pająk, orientując się, że kostium znów jest wrażliwy na ogień, chwyta cysternę i wylewa benzynę na żywy strój, spalając go, gdy ten dotyka dłoni Osborna. Śmierć kostiumu w agonii niszczy umysł Osborna, zmieniając go w bełkoczącego i nieszkodliwego osobnika. Na miejscu zjawia się Jameson, który czując się odpowiedzialny za wszystko, chce zastrzelić Osborna, aby ten nikogo już nie zabił. Kiedy pociąga za spust, Pająk zasłania Goblina, otrzymując postrzał w ramię. Tłumaczy, że mając moc i odpowiedzialność, musi ratować nawet swoich najgorszych wrogów. JJJ ucieka w poczuciu wstydu.

Almost Solitary Confinement
Ravencroft Institute. Pułkownik John Jameson, łamiąc regulamin, pozwala Spider-Manowi na widzenie z Normanem Osbornem. W cztery oczy Pająk pyta siedzącego w celi za szklaną ścianą mężczyznę, czy wie, kim jest Spider-Man. Ten odpowiada, że to Norman Osborn. Na pytanie, z kim w takim razie rozmawia, słyszy, że z Cletusem Kasadym. Osborn wybucha śmiechem i Parker odchodzi, przekonując się, że to nie gra ze strony więźnia, którego wielkie ego kosztowało utratę własnej tożsamości.

The Return of Harry Osborn
Alchemax’s R&D Labs. Liz i Harry towarzyszą synowi, gdy Dr. Steve wykorzystuje aparaturę dźwiękową do usunięcia z ciała chłopca kopii symbiontu Carnage’a. Allan prosi Marka, aby zabrał żywy kostium i ukrył go w bezpiecznym miejscu. Uważa, że będzie można go zbadać na wypadek jakichś komplikacji. Do laboratorium przychodzi Emma ze Stanley’em. Harry Lyman wybacza matce, że porzuciła go, gdy był dzieckiem. Postanawia też wrócić do dawnego nazwiska Osborn, chcąc, by reprezentowało ono coś dobrego. Obiecuje, że dla swoich synów będzie ojcem, jakim nigdy nie był dla niego Norman. Kiedy przytula Normiego i mówi, że go kocha, w źrenicy chłopca pojawia się ślad symbiontu Carnage’a.

Goodbye
Pogrzeb Flasha Thompsona. Betty Brant odczytuje mowę i prosi Petera o zabranie głosu. Parker oddaje szacunek zmarłemu, opowiadając o jego heroicznych czynach, i tytułuje się jego największym fanem. Po uroczystości May podchodzi do Petera i radzi mu wesprzeć na duchu załamanego Jonaha. Okazując empatię, Parker zapewnia JJJ, że Flash wybaczyłby mu i on też mu wybacza. Zanim Jameson odpowiada, rozlegają się syreny alarmowe. JJJ pogania Petera do akcji i zabiera na przechowanie jego porzuconą odzież, kwitując, jak bardzo jest mu potrzebny. Szybując przez miasto, Spider-Man zauważa, że grunt to nigdy się nie poddawać i walczyć dalej oraz pomagać w walce innym.

So, You Stayed After the Credits? Smart Move
Horizon University, San Francisco. Otto Octavius, ukrywając się pod pseudonimem Elliot Tolliver, zostaje zatrudniony przez Maxa Modella. Kiedy pracodawca oprowadza go po ośrodku, pokazuje mu m.in. Living Brain-Bots, projekt Anny Marii Marconi. Kobieta ma dziwne przeczucie co do nowego współpracownika. Max zaprowadza ”Elliota” do jego osobistego laboratorium i zachwycony jego dorobkiem mówi, że spodziewa się po nim wielkich rzeczy. Otto odpowiada, że zawsze dąży do bycia lepszym od najlepszych.