Już na początku komiksu Spider-Man ma okazję rozprawić się z trzema złodziejaszkami. Jest to bułka z masłem i w mgnieniu oka policja dostaje przesyłkę w sieci. Tymczasem na obrzeżach miasta, w Centrum Badań Atomowych, znakomity specjalista w dziedzinie atomistyki Dr. Otto Octavius, przezywany „Doktorem Octopusem”, przeprowadza eksperyment nuklearny. Niestety jego nieuwaga drogo go kosztuje – zostaje wystawiony na dużą dawkę promieniowania, a laboratorium płonie. Jego mózg zostaje uszkodzony, a urządzenie, które nosił podczas wypadku (pas z czterema ramionami) zostaje przytwierdzone do jego ciała. Po obudzeniu ze śpiączki odkrywa swoje nowe możliwości – jest w stanie kontrolować macki siłą woli. Cierpiąc na paranoję prześladowczą i czując się jak osaczony więzień, obiecuje „ukarać” tych, którzy chcą rzekomo przeszkodzić mu w ukończeniu jego pracy badawczej. Staje się w pełnym tego słowa znaczeniu Doktorem Octopusem. W międzyczasie J. Jonah Jamesonm, wydawca „Daily Bugle”, prosi Petera Parkera o zdjęcia poszkodowanego w wypadku Otto Octaviusa. Chłopak jako Spider-Man udaje się do szpitala, gdzie ten jest trzymany. Wkracza do akcji, gdy widzi Octopusa znęcającego się nad lekarzem. Otto wygrywa jednak potyczkę i bezceremonialnie wyrzuca Spider-Mana przez okno, po czym udaje się do swojego laboratorium w Centrum Badań Atomowych. Zamyka się w kompleksie, tworząc z niego nowoczesną fortecę.
Upokorzony Peter bardzo przeżywa przegraną walkę z Doktorem Octopusem. Mocno myśli nad tym, by rzucić kostium w kąt i przestać być superbohaterem. Dzwoni nawet do Jamesona, by poinformować go, że nie dostarczy prawdopodobnie już nigdy żadnych nowych zdjęć. Ciocia May dostrzega, że coś go trapi, jednak Peter nie chce o tym rozmawiać, twierdząc, że to bardzo osobista sprawa. W szkole Flash jak zwykle z niego żartuje. Parker słyszy, jak koleżanki z klasy są podekscytowane wizytą w ich szkole Human Torcha z drużyny Fantastic Four, którą gubernator poprosił o pomoc w ujęciu Doktora Octopusa. Niestety reszta grupy ma inne sprawy na głowie. Natchniony słowami Human Torcha, który radzi uczniom, by nigdy się nie poddawali, Pająk włamuje się do budynku otoczonego przez szczelny kordon wojska i policji. Otto dostrzega jego wejście do środka kompleksu na obrazie z monitoringu. Początkowo próbuje przegonić intruza, wykorzystując ku temu różne maszyny. Gdy to mu się nie udaje, postanawia rozprawić się z nim osobiście. Tymczasem Spider-Man dostaje się do laboratorium chemicznego i tam sporządza pewna miksturę konieczną do realizacji jego planu pokonania Otto Octaviusa.
Po wypatrzeniu Spider-Mana na korytarzu Doktor Octopus przystępuje do walki, pewny swojej wygranej. Z pomocą nauki (czyli mikstury stapiającej metal macek), zręczności oraz swojej niezawodnej pięści Spider-Man pokonuje Doktora Octopusa, ogłuszając go na dobre. Czekający na zewnątrz strażnicy, zwabieni pajęczym sygnałem, otrzymują kolejną przesyłkę w sieci – bezbronnego i nieprzytomnego Otto Octaviusa.
Spider-Man, cały w skowronkach, udaje się do hotelu, gdzie w jednym z pokoi zatrzymał się Human Torch, któremu badający go lekarz mówi, że choroba już minęła i może znowu „płonąć”. Storm szykuje się do akcji, jednak wchodzący przez okno Pająk oznajmia mu, że Doktor Octopus został już złapany. Dziękuje mu za to, że podtrzymał go na duchu w najtrudniejszej dla niego chwili. Torch nie rozumie, co takiego wielkiego zrobił. Następnego dnia Storm jeszcze raz odwiedza Midtown High School. Flash stawia go Peterowi za wzór, ale ten zbywa jego docinki.
