Casbah, Algieria. Pajęczy zmysł Spider-Mana ostrzega go przed atakiem fanatycznych najemników uzbrojonych w noże i broń palną. Spidey daje im niezłą nauczkę, zmuszając ich do ucieczki. Rusza jednak za nimi w pogoń, chcąc poznać ich zleceniodawcę. Jeden z bandziorów wyjmuje pistolet i strzela w kierunku superbohatera. Dzięki niebywałej szybkości Pająka kula wyłącznie muska jego głowę. Oszołomiony Spider-Man spada z dachu i ląduje w rzece. Po odejściu zbirów wychodzi na brzeg i traci przytomność.
Przeszłość. Pomagając cioci May w porządkach na strychu, Peter znajduje w walizce zdjęcie i wycinek gazety o swoich rodzicach. Dowiaduje się z niego, że Richard i Mary Parkerowie byli zdrajcami, którzy szpiegowali własny kraj. Ciocia May wyjaśnia, że rodzice Petera zginęli w katastrofie lotniczej nad Algierią. Po ich śmierci amerykańska prasa okrzyknęła ich szpiegami. Pewien mężczyzna z Casbah zidentyfikował ich ciała, jednak nie odpisał na żaden list, jaki wysłali do niego Ben i May. Zszokowany tym odkryciem Peter rusza na patrol w kostiumie Spider-Mana, aby odreagować stres. Nie mogąc uwierzyć w winę swoich rodziców, postanawia polecieć do Algierii, aby oczyścić ich z zarzutów i znaleźć dowód na ich niewinność.
W kwaterze Fantastic Four Spider-Man prosi Reeda Richardsa o użyczenie jednego z ich szybkich pojazdów. Osobiście Mr. Fantastic zawozi go Fantastic Carem do Casbah. Dysponując adresem od cioci May, Pająk kieruje się do restauracji, której właścicielem jest człowiek, który przed wieloma laty zidentyfikował ciała Parkerów. Przerażony widokiem „insekta” na ścianie mężczyzna wyznaje, że Parkerowie pracowali dla mieszkającego w okolicy „mistrza intrygi”, którzy zarządzał międzynarodową organizacją szpiegowską. Ich rozmowę podsłuchuje szpieg, który idzie ostrzec swego mocodawcę. Po zdobyciu adresu kwatery „bossa” Spider-Man rusza w miasto, ale zostaje napadnięty przez zabójców (wydarzenie z pierwszych stron komiksu).
Teraźniejszość. Leżący na bruku Spidey odzyskuje przytomność. Tym razem dociera pod wskazany adres, gdzie obezwładnia strażnika i wyrywa drzwi wyjściowe. Błądząc po luksusowej posiadłości trafia do archiwum, gdzie znajduje identyfikator ojca wskazujący na to, że był on szpiegiem pracującym dla obcego wywiadu. Nagłe słyszy szyderczy głos dochodzący za jego pleców. Poznaje właściciela rezydencji, mistrza intrygi i poszukiwanego przestępcę – Red Skulla.
Skull nasyła na Pająka olbrzyma zwanego Sandor. W dziurze rozwalonej ściany Spidey tka sieć, w którą wpada Sandor, po czym złapaną w pajęczynę „ofiarę” bije do nieprzytomności. Rozwścieczony Red Skull wysyła za nim najemnika – Finishera. Płatny zabójca steruje limuzyną uzbrojoną w samonaprowadzające się rakiety. Dzięki zdolnościom akrobatycznym Spider-Man sprawia, że jedna z rakiet trafia w samochód. Przed śmiercią Finisher wyznaje, że Parkerowie byli podwójnymi agentami, którzy infiltrowali dla rządu USA bazę Red Skulla. Skull dowiedział się o ich zdradzie i kazał Finisherowi wysłać ich na samobójczą misję w sabotowanym przez niego samolocie. Po katastrofie zmuszony przez Skulla właściciel restauracji spreparował dowody, tak aby przedstawiały Parkerów jako zdrajców własnego kraju.
Szukając dowodu niewinności rodziców, Parker wraca do siedziby Skulla. Siedzący na krześle zbrodniarz uruchamia lawinę znajdujących się w pokoju pułapek. W toku brutalnej walki baza Skulla zostaje zniszczona, a on sam ratuje się ucieczką. Przypadkowo Peter odkrywa, że identyfikator jego ojca stopił się pod wpływem ognia. Pod zdradziecką kartą znajduje się drugi identyfikator potwierdzający, że Richard Parker pracował jako podwójny agent dla USA, walcząc za swój kraj. Peter raduje się, że znalazł dowód, który oczyścił imię jego zmarłych rodziców.
