Banshee, który odkrył tożsamość zdrajcy w szeregach X-Men, ucieka przed Brotherhood of Evil Mutants. W brooklińskich dokach ginie jednak zmiażdżony kontenerem z rąk Magneto, któremu towarzyszą Blob, Toad, Mist Mistress i Crucible. Tymczasem Peter Parker zostaje zaskoczony przyjęciem urodzinowym wyprawionym dla niego w butiku żony w Soho. Kiedy on i Mary Jane wspominają nieżyjące ciotki, May i Annę, zjawia się prof. Charles Xavier, który zaprasza Parkerów i ich córkę do swojej szkoły.
Nazajutrz Parkerowie stawiają się w Xavier’s School for Gifted Youngsters, szkole dla mutantów w Westchester. Witają ich Xavier, dyrektorzy ds. edukacji, Jean Grey i jej mąż Wolverine, oraz ich córka Kate vel Shine. Dorośli udają się do gabinetu profesora, który prosi Jubilee, aby oprowadziła Annie Parker i Kate po kampusie. Przewodniczka wygaduje się, że być może Spiderling zacznie chodzić do ich szkoły, bo jej miejsce jest wśród nich. Kiedy ta protestuje, ma atak super-pajęczego zmysłu – widzi, jak ktoś strzela do jej ojca i Wolverine’a.
W gabinecie dyrektora Xavier, Logan i Jean przekonują Parkerów, że Annie ze względów bezpieczeństwa powinna zostać przepisana do ich szkoły. Peter skłania się ku temu pomysłowi, jednak Mary Jane stanowczo oponuje, nie chcąc, aby ich córka żyła w izolacji od rodziny i przyjaciół. Zdenerwowana wychodzi z pokoju. Na zewnątrz Annie wyznaje Jubilee, że miała wizję. Dołącza do nich zmartwiony Beast, który po chwili pada od strzału w pierś. Jak spod ziemi wyrastają Brotherhood of Evil Mutants. Magneto każe Mist uśpić Annie i Kate.
Na korytarzu rezydencji Mary Jane spotyka Cyclopsa, nauczyciela etyki w relacjach ludzi-mutantów. Choć chwali on wizję Xaviera, przyznaje, że profesor zaprosił córkę Parkerów do szkoły również z powodu obowiązku autokontroli, na którą on i Avengers kiedyś zgodzili się, negocjując z rządami alternatywę wobec grożącego wybuchem wojny domowej międzynarodowego Aktu Rejestracji Nadludzi. Scott żali się, że tamte decyzje Xaviera kosztowały go miłość Grey. W tym czasie Charles, Peter, Logan i Jean zostają uśpieni przez gaz Mist.
Cerebro. Annie i Kate budzą się w pomieszczeniu z urządzeniem, które pozwala zlokalizować wszystkich mutantów na Ziemi. Stojący przy nim Magneto zamierza użyć go, by ostatecznie rozwiązać kwestię, kto przetrwa w starciu ludzie-mutanci. Dołącza do niego Jubilee, dzięki której jego banda przedostała się do szkoły i zdobyła kody do Cerebro. Okazuje się, że to ona zdradziła X-Men.
